Главным выразителем китайских народных масс, а также организатором сопротивления к концу XVIII века была секта «Белый Лотос», которая имела сложную структуру с множеством ячеек и последователей. Относительно мирные отношения между представителями секты и правительством в середине 70-х кончились. В 1775 году власти решили обезглавить левое крыло секты, арестовав её главу Лю Суна. Однако оставшиеся на свободе крупные деятели способствовали её укреплению. В Шэньси осуществляли проповедь известные представители Лю Чжисе и Сун Чжицин, в своих речах они говорили о равенстве и распределении богатства, тем самым вербуя последователей. Организация расширяла свой состав, собирала деньги и готовилась осуществить восстание. В 1788 году сына, арестованного Лю Суна признали буддой, который прибыл для того, чтобы помочь восстановить династию Мин, «потомок» которой был выбран из секты. Проповедники объявили, что стране придется пережить множество трудностей, прежде чем падёт господство маньчжуров и возродится династия Мин, что приведёт к царству божьему на земле. Секта стала вооруженной структурой, на что правительство отреагировало массированными арестами. Был схвачен Сун Чжицин, а вместе с ним и еще 500 последователей. В других провинциях арестовывали еще тысячи крестьян, некоторые из них были ни в чем не повинны, а по первому подозрению схвачены и лишены имущества. Такие действия правительства были «Белому Лотосу» только на руку, они ускорили выступление.
Февраль 1796 года ознаменовался двумя важными событиями. Во-первых, престол покинул 85 летний император Хунли, передав власть своему сыну Юнъяню. Вторым событием стало начало крестьянской войны. Произошли первые восстания в северных уездах провинции Хубэй, затем основные силы перебросились на запад и в центральные районы. Война под знаменем Белого Лотоса началась. Центром движения стал Санъян, где сектанты организовали наиболее боеспособное соединение. Известной личностью в этой войне была 20 летняя Ци Ван, женщина, которая была настолько несгибаема и храбра, что её избрали главнокомандующей женской кавалерией, которая наводила страх и ужас на противника. Кроме того, к повстанцам присоединялись разоренные люди, бедняки, беззмемельные крестьяне, рабочие с рудников и солдаты-дезертиры.
Основной движущей силой оставалось крестьянство, неслучайно само восстание вылилось в крестьянскую войну. Хотя Белый Лотос был религиозной сектой, война религиозной не стала. Повстанцы требовали, чтобы социальное начало преобладало над религиозным. Девизом восстания стал лозунг «Чиновники притесняют – народ восстаёт!». Это вылилось в массовые сожжения управ в городах и убийствах чиновников и богачей. Восставшие наобещали освобождение от налогов, наделение землей, раздачу должностей и наступление благополучия. Главная цель – перераспределение имущества.
Восстание имело глобальный характер. Пока правительство перебрасывало войска для подавления восстания в Хубэе локальные восстания распространились по всей стране. Первоначально они имели большой успех, повстанцы захватывали ряд городов, однако война с превосходящим противником, да еще и по захвату городов вела к тому, что армия редела. Было решено прибегнуть к оборонительной тактике, тем более что было захвачено уже 10 городов. Однако и такой метод борьбы был неудобен, поскольку армия превосходила повстанцев количеством и вооружением. Был избран еще более хитрый план: избегая крупных сражений пытаться сковать противника. Повстанцы объединялись и наносили массивный удар, а потом разъединялись и продолжали локальные войны. Это делало их восстание сложно подавляемым, поскольку, сломив один очаг сопротивления не получалось сломить остальные. Итак, правительственные войска решили не изматывать армию, вернули её в города, ставшие опорными пунктами, а для их противника таким пунктами стали деревни. В 1796 году повстанцы двинулись к Великому каналу, что всерьез испугало правительство, решившее перевезти свои сокровища из Пекина в Маньчжурию. В 1797 году встретились два командира отрядов провинций Хубэй и Сычуань, которые договорились о координации своих действий.
В правительстве продолжал расти кризис. Разлагался госаппарат под бременем казнокрадства чиновников, падение боеспособности армии, поскольку деньги из казны наворовали платить солдатам было нечем, даже паёк выдавали не каждый день. Солдатам приходилось грабить население. Военачальники, боясь столкновений с соединениями повстанцев отсиживались в крепостях, а когда была возможность направляли карательные отряды в провинции, где уничтожались не только сектанты, но и мирное население. Сами руководители были людьми медлительными, бездарными, безынициативными и вообще дико боялись повстанцев. Во многом поэтому восстание получилось таким успешным.
На борьбу с повстанцами были направлены все войска, которое освободились от подавления восстания в Хунани. Это вынудило восставших умерить темпы своего продвижения и отступить в Сычуань. В 1798 году состоялось второе совещание по обсуждению дальнейших планов и координации боевых действий. Однако в том же году две армии повстанцев были окружен и разбиты, а их предводители покончили с собой, чтобы не попасть в плен. 1798-99 годы в Сычуани произошел ряд сражений, увенчавшийся успехом повстанцев. Инициатива вновь перешла к ним. В эти же годы особое значение приобрели так называемые отряды «сельского ополчения», которые подчинялись землевладельцам. К ним относились крестьяне и другие бедные люди, прекрасно знавшие местность, а значит представляющие реальную угрозу для восставших.
Правительство перешло к тактике прочной обороны, строились укрепления, сдавалась опустошенная территория, а население и продовольствие угонялись в горы или укрепления. Это очень сильно подрывало действия восставших, оставшихся без подкрепления и продовольствия. Кроме того, восстание уже шло 5 лет, крестьянство было измучено, а надежды на победу были всё более мрачными. Наиболее преданные приверженцы Белого Лотоса погибали, а новые не были такими уж идейными. Все это привело к тому, что в начале 1800 года правительственные войска перехватили инициативу. Очаги сопротивления поодиночке разбивались и капитулировали, толковых командующих была горсть.
Несмотря на большой спад движения отряды сянъюн продолжали одерживать победы. В конце 1800 года лидеры восстания провели последнее совещание по координации действий. Однако это не слишком-то помогло. В течение всего 1802 года повстанцы вели неравную борьбу с правительственными войсками. Ещё целых два года повстанцам удавалось вести борьбу в горно-лесистом районе на стыке провинций Сычуань и Шэньси, однако восстание было подавлено.
Итоги восстания поражают. Правительству для подавления сопротивления потребовалось потратить 200 млн. лянов серебра. Кроме того, это восстание было крупнейшим за последние сто лет после войны «трех князей» в 1673-81 гг. Восстание затронуло миллионы людей в частности появление нерегулярный войск, которые получили боевой опыт, во многом тоже имело негативный характер, так как те привыкли к грабежам и разбоям во время восстания и продолжали это практиковать, не желая возвращаться к труду. Властям, однако, удалось утихомирить их пыл путём раздачи земель, но продолжались и вооруженные столкновения, которые к концу 1805 года тоже были подавлены. Оружие у крестьян изъяли, укрепления срыли и преследовали организации, которые собирали средства на борьбу. Следует отметить, что Цинский режим хоть и одержал верх, но победой можно, но не окреп, а наоборот ослаб. Росло социальное напряжение, выявилась слабость империи, которой предстояло столкновение с капиталистическими державами Европы в 40 – 50-х годах. девятнадцатого столетия.